Batistuta bắt đầu sự nghiệp của mình vào năm 1988 tại CLB hạng nhất Newell's Old Boys của Argentina. Một năm sau đó, anh chuyển đến thi đấu cho CLB River Plate và đến năm 1990 thì anh lại đầu quân cho CLB nổi tiếng Boca Juniors. Tại Boca Juniors, Batistuta bắt đầu thể hiện được tài năng săn bàn bẩm sinh của mình và những bàn thắng trong màu áo Boca Juniors đã đưa anh lọt vào mắt xanh của các CLB ở Châu Âu. Sau đó anh đã dành phần lớn thời gian sự nghiệp cho CLB ACF Fiorentina của Ý. Anh cũng là tay săn bàn xuất sắc thứ 8 trong lịch sử giải đấu Serie A với 184 bàn 318 trận từ 1991 đến 2003. Ở cấp độ quốc gia, anh đang giữ danh hiệu tay săn bàn xuất sắc nhất mọi thời đại của Argentina với 56 bàn trong 78 lần khoác áo đội tuyển, bỏ xa người xếp thứ 2 là Lionel Messi những 19 bàn. Batistuta đã tham dự 3 kì World Cup năm 1994, 1998, 2002 và anh đã có 10 bàn thắng sau 11 trận, đồng thời trở thành cầu thủ duy nhất lập hat-trick ở 2 kỳ World Cup liên tiếp. Ngoài ra, Batistuta cũng đã giành được 2 chức vô địch Copa America cùng đội tuyển Argentina vào năm 1991 và 1993. Năm 2004, anh được chọn là một trong 125 huyền thoại sống của bóng đá thế giới bởi Pelé.
Khi CLB Fiorentina bị xuống hạng Serie B, Batistuta đã ở lại với CLB và giúp nó trở lại giải đấu hàng đầu 2 năm sau đó. Là một anh hùng trong lòng các cổ động viên thành Firenze, các fan của Fiorentina đã dựng một bức tượng đồng của anh năm 1996, một sự công nhận cho những đóng góp của Batistuta cho Fiorentina. Cùng với ACF Fiorentina, anh đã giành được chiếc Cúp Quốc gia ý 1996 và Siêu cúp Ý 1997. Năm 1999, anh được trao tước vị Quả bóng đồng thế giới từ FIFA. Năm 2000, anh được các CĐV ACF Fiorentina bầu chọn là cầu thủ xuất sắc nhất CLB trong thế kỷ 20. Tuy vậy, Batistuta chưa bao giờ giành được danh hiệu Scudetto nào với Fiorentina và chỉ khi anh đầu quân cho AS Roma năm 2000, anh mới giành được chức vô địch Seria A đầu tiên và cũng là cuối cùng của mình. Batistuta chơi mùa giải cuối cùng tại Qatar cho CLB Al-Arabi trước khi giải nghệ năm 2005.